1292 begannen die Franziskaner, die vor 1250 nach Colmar gekommen waren, mit der Errichtung eines Bauwerks, das erst im Verlauf der ersten Hälfte des 14. Jahrhunderts vollendet werden konnte. Zusammen mit der Dominikanerkirche zählt dieses Bauwerk zu den Hauptwerken der Bettelorden in unserer Region. Durch mehrere Restaurationsarbeiten zwischen 1982 und 1997 konnte die Kirche wieder ihren ursprünglichen Zustand erlangen, nicht zuletzt indem die 1862, um Heizkosten einzusparen, herabgesetzten Decken, wieder erhöht wurden. Die Kirche Saint-Matthieu besitzt eine bemerkenswerte Akustik und zählt somit jedes Jahr zu den Orten, an denen die Konzerte des Internationalen Musikfestivals Colmar stattfinden.
1543 schloss der Franziskanerorden endgültig seine Türen und die Stadt kaufte die Gebäude zurück, um dort ein Krankenhaus zu errichten. Im Jahre 1575 wurde die Kirche der lutherischen Gemeinschaft Colmars unterstellt. 1715 wurde eine Mauer errichtet, um auf der einen Seite die protestantische Kapelle im Kirchenschiff und auf der anderen Seite die katholische Kirche im Chor zu trennen. Es sollte noch bis 1937 dauern, bis die Kirche, nach der Errichtung des neuen Krankenhauses Pasteur, wieder für die protestantische Gottesverehrung benutzt wurde und bis 1987, bis die Mauer niedergerissen wurde.
