Ce bâtiment, constitué à partir d’un groupe de maisons, avait été reconstruit en 1532 en empiétant sur le cimetière du couvent des Augustins voisin. Il connut à la fin du XVIe siècle une profonde transformation dans le style de la renaissance, où des peintures et épigrammes aujourd’hui disparus décoraient ses façades extérieures. En 1595, une statue symbolisant la justice vint orner la nouvelle façade. Après l’installation du conseil souverain en 1698, le bâtiment connut plusieurs travaux d’aménagements. Sa façade actuelle de style néo-classique est le fruit de travaux exécutés entre 1769 et 1771.
Servant à l’origine aux réunions de la société patricienne du Wagkeller, l’édifice accueillit à partir de 1532 les réunions du Magistrat qui siégeait jusqu’alors au Koïfhus. Louis XIV y résida lors de ses visites en 1681 et 1683. Le conseil souverain d’Alsace créé en 1657, s’y installa à partir de 1698. Ancienne cour d’appel au XIXe siècle, le palais du conseil souverain est actuellement occupé par un tribunal de grande instance.
Sur la façade rue des Augustins, une niche a été aménagée pour accueillir une réplique du Manneken-Pis. Celle-ci, initialement installée devant les bains municipaux, avait été offerte en 1922, à Colmar par la ville de Bruxelles en souvenir des souffrances qu’elles avaient toutes les deux connues lors de l’occupation allemande.